Instituído pelo Cardeal Cunha em conformidade com a Bula Sacrosantum Apostulatus Ministerium de Clemente XIV (4 de julho de 1770). D. José aprovou-lhe os Estatutos, tomando-o sob a sua proteção, por alvará de 18 de agosto de 1772. Seria entregue à administração dos Cónegos Regrantes de Santo Agostinho, em setembro de 1772.
Os Estatutos do Real Colégio de Mafra, anexos ao Alvará Régio, decalcados dos do Colégio dos Nobres e adaptados aos fins específicos do instituto então criado, visavam a educação da “Mocidade da Nobreza Civil, e das Famílias honestas, que vivem com decência” preceituando que “o princípio de toda a sabedoria é o temor de Deus e a observância dos seus preceitos e da sua Igreja, não bastando que no Colégio floresçam as Belas Artes, se com elas se não aprenderem e cultivarem os bons costumes”. Além disso, estatuíam a fundação de uma biblioteca e de um laboratório de Física, bem como os cargos de: Reitor, sempre reunido ao do Priorado do Mosteiro de Mafra, pelo que a nomeação do Dom Prior englobaria a de Reitor do Real Colégio, dependeria, no entanto, de confirmação régia em cada triénio; Vice-Reitor, Prefeito e Vice-Prefeitos (estes em número de quatro), seriam providos, em cada período trienal, entre os Cónegos do Mosteiro de Mafra ou da Congregação, o primeiro pelos mais sábios, virtuosos e prudentes, os segundos pelos mais sábios e bem instruídos em línguas, nas Belas Artes e disciplinas filosóficas professados no Colégio, de “exemplares costumes, gravidade, e com dotes necessários para a direção da Mocidade”.
D. Maria I renovou-lhe e amplificou-lhe os Estatutos em 27 de outubro de 1780. Encerrou definitivamente em 1820, apesar da reforma do plano de estudos patrocinada por D. João VI em 1805, a qual vigorou a partir de janeiro do ano seguinte.
Não confundir com os Reais Estudos de Mafra, criados Dom João V, tendo sido inaugurados com toda a solenidade, a 14 fevereiro 1737, na presença do fundador, perante quem foram proferidas orações em seu louvor e da Sabedoria.