A retirada ostensiva de D. Afonso de Meneses da corte para os seus domínios de Mafra fora a forma pública de evidenciar o gravame que sentira com a ordem de D. Catarina para deixar a câmara de el-rei, depois de a regente lhe ter ouvido um dito de espírito, conforme narra em missiva remetida, em 1560, a D. António, Prior do Crato, a quem agradece a visita com que este o obsequiara, expondo-lhe os motivos do seu exílio voluntário em Mafra.
O senhor de Mafra, não se coibiria, no entanto, de enunciar as razões que lhe assistiam na carta que, a 3 de fevereiro de 1561, enviou da vila de Mafra à regente, na qual, o filho do conde Penela e grande apoiante da Casa de Bragança, além de lembrar a D. Catarina que D. João III o metera em seu conselho “de 18 anos”, era capitão-mor dos ginetes e casara com D. Guiomar Soares, filha de Lopo Soares, invoca a sua casa, pessoa e qualidade dela, para enfatizar o desagrado e, porque não dizê-lo, a revolta contra as opções da regência: não fora escolhido para a governança do Reino e tutoria do rei e eleição para conselho; o despacho de sua moradia no conselho demorara nove meses, quando a pedira por ser de seu pai e lhe ser devida; não recebera 40.000 réis de tença que tinham vagado por falecimento de sua mulher; no serviço do rei, para que fora nomeado, sofrera “afrontas na honra de sua pessoa, ofensas, sem razões públicas e secretas”; a própria rainha o mandara sair “duma casa para que eu devera de ser chamado, e com palavras de tanto escândalo e afronta para minha pessoa e cãs que se não pudera fazer mais a André Mendes”; não entrara em casa do rei senão por rogo da camareira-mor por ver o choro do rei menino (D. Sebastião), que cessara quando o vira.
D. Afonso de Meneses não seria secundado pela maioria das inúmeras personalidades atingidas pela perda de prerrogativas durante o consulado de D. Catarina. Em contrapartida, a sua atitude desafrontada, relativamente à regente e aos partidários desta, tornou mais relevantes as relações privilegiadas que entretinha com o Infante D. Luís, a quem quisera acompanhar nas empresas de África, e designadamente com o filho deste, D. António, Prior do Crato, com quem manteve inequívocos laços de recíproca amizade.
Entretanto, ficam por apurar as consequências futuras de tais solidariedades na região de Mafra, conhecida a circunstância de, na atualidade, persistirem na aura popular comentários benévolos a respeito do Prior do Crato.
Porventura, as implicações poderão ser ainda mais profundas.
Que efeito propiciatório terão, eventualmente, desempenhado essas relações no advento do denominado falso D. Sebastião da Ericeira, encarnado pelo açoriano, Mateus Álvares, ermitão de S. Julião (Carvoeira), em 1585?
Além da generalidade da “gente rústica dos termos das vilas da Ericeira, Mafra, Torres Vedras e Sintra e de outras partes”, achar-se-iam amotinados neste episódio muitos dos nobres e clérigos que haviam de sustentar o partido de D. António na resistência à anexação espanhola, em consequência do desaparecimento de D. Sebastião, em Alcácer Quibir (1578).
Sintomaticamente, D. Jorge de Meneses, filho do conde de Castanheira, citado neste documento, é um dos mais proeminentes fidalgos encarcerados, em virtude da sua adesão ao movimento liderado por Mateus Álvares, açoriano, filho de um pedreiro e natural da Praia da Vitória (Terceira) e ermitão na ermida de São Julião (Carvoeira, Mafra).
Mateus Álvares logrou levantar em armas cerca de três mil homens da Ericeira, Mafra e regiões limítrofes, os quais, após muitos episódios rocambolescos, foram desbaratados (junho de 1585), junto à igreja de Nossa Senhora do Ó do Porto da Carvoeira (Mafra), por uma força de 400 homens, formando duas companhias de infantaria espanholas comandadas pelos capitães Calderon e Santo Esteban. Muitos dos revoltosos morreram na escaramuça, cerca de vinte dos “alevantados do Rei ermitão de São Gião” foram enforcados na Ericeira, havendo alguns condenados às galés (como o ex-Procurador do Concelho, Luís Gonçalves) e muitos perdoados.
O falso rei foi capturado em fuga, tendo entrado preso em Lisboa, no dia 12 de junho de 1585, e terminado enforcado, após ter-lhe sido decepada a mão direita, com a qual ousara assinar o nome de Dom Sebastião. A sua cabeça, decapitada, esteve exposta durante um mês no pelourinho da capital, sendo o corpo esquartejado e os pedaços expostos pelas portas da cidade.