[…] A estas nobres vilas submetidas Ajunta também Mafra, em pouco espaço, […].
Subsiste o problema da origem e semântica do topónimo Mafra. Com efeito, nem mesmo as diferentes nomenclaturas —Mafarã (1189), Malfora (1199) e Mafora (1288) — que precederam a forma atual, que Camões foi o primeiro a adotar deliberadamente, parecem suscetíveis de contribuir para o cabal esclarecimento da questão.
Alguns autores descobriram-lhe raízes pré-romanas, em abono do que citam hipotéticos vestígios arqueológicos, casos de Santos Ferreira que a faz derivar do fenício, ou de Batalha Gouveia que a apresenta como resultante do arquétipo turânico Mahara, a grande Ara, e reminiscente de um culto feminino de fecundidade, outrora, supostamente existente no aro da vila.
Seja como for, a explicação corrente, aceite sem critério seguro, na esteira de Frei João de Sousa, e refutada in limine pelo Prof. David Lopes, por desobediência, quer à etimologia quer às formas antigas, radica o nome no árabe Mahfara, a cova, derivando-o do verbo hafara, cavar, abrir cova.
Noutra direção aponta, porém, o Dicionário de Cândido de Figueiredo, no qual a voz Mafra tem o significado pejorativo de gente ordinária, arraia-miúda, ajuntamento de povo, turba, valor semântico corroborado por Rebelo Gonçalves, que o crê surgido durante as obras de edificação do Convento de Santo António, nos então arrabaldes da vila.
Apesar de tudo, o que não oferece dúvida é a circunstância de o pergaminho que atesta a doação de Mafra à diocese de Silves grafar Mafara o topónimo então utilizado para denominar a povoação, justamente com a forma que havia de ser adotada pelo Conde D. Pedro no seu Livro de Linhagens quando nomeia o Couto homónimo situado não longe da Corunha (Galiza, Espanha).
Restará portanto, apurar o tipo de laços que mantiveram em comum e hoje, quiçá, sobrevivem nas duas regiões, uma vez que existe no concelho de Mafra uma localidade denominada Galiza, justamente no âmbito de uma propriedade agrícola pertencente (desde o séc. XII e até aos alvores do XV) ao mosteiro cisterciense galego de Santa Maria de Oya, num território, então, geomorfologicamente afim de uma típica ria galega, sintomaticamente denominada Quinta de Ilhas.
Ainda em abono dos referidos laços identitários comuns, convém recordar que diversas visitações eclesiásticas (1502, 1508 e 1509) expressamente reportam que, do ponto de vista litúrgico, a Igreja de Santo André de Mafra seguia o Rito Compostelhano.
Assim, se podem ser tidas por inconclusivas as hipóteses que apontam para a origem pré-romana do topónimo, aquela que lhe atribui filiação árabe será de todas a menos plausível.